Im Planungsprozess des Flussbaulichen Gesamtprojekts wird Interdisziplinarität groß geschrieben. Wasserbau, Schifffahrt und Ökologie arbeiten seit mehreren Jahren partnerschaftlich in diesem Planungsprozess daran, eine optimale Lösung für die Donau östlich von Wien - zwischen dem Kraftwerk Freudenau und der österreichisch-slowakischen Grenze - zu finden.

via donau bietet die Plattform für diesen Prozess, in dem der Nationalpark Donau-Auen wesentlicher Partner ist. Durch das Miteinander aller Fachdisziplinen wurde ein Projekt erarbeitet, das allen Anforderungen gerecht wird und große Chancen für die Donau und die Donau-Auen bietet.

Eine Steuerungsgruppe, der so genannte „Leitungsausschuss“, der aus allen erwähnten Fachgruppen besteht, begleitet den Prozess. Die Planung beruht auf gemeinsamen, im Leitungsausschuss vereinbarten Entwurfsgrundsätzen. Deren Umsetzung soll die Möglichkeit bieten, aus neuen Erfahrungen mit dem Fluss zu lernen. Daher sind gezielte Beobachtung der Entwicklungen in der Projektumsetzung und weiterführende wissenschaftliche Forschung am Ökosystem wesentliche Elemente des Projekts.